AT2G30660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.994 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ATP-dependent caseinolytic (Clp) protease/crotonase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ATP-dependent caseinolytic (Clp) protease/crotonase family protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: metabolic process; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, LP.12 twelve leaves visible; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Crotonase, core (InterPro:IPR001753); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase 1 (TAIR:AT5G65940.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:13058500..13061665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42569.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASQSQVLVE EKSSVRILTL NRPKQLNALC FNMISRLLQL FRAYEEDPSV KLVILKGQGR AFCAGGDVPP VVQNMVQGKW RLGADFFRDQ YTLNYVMATY 101: SKPQVSILNG IVMGAGAGVS IHGRFRIATE NTVFAMPETS LGLFPDVGAS YFLSRLPGFF GEYVGLTGAR LDGAELLACG LATHFVPSTR LTALETDLCK 201: VGSSDPSFVS TILDAYTQHP HLKQKSAYHR LDVIDRCFSK RTMEEIISAL ERETTQELDD WSLTTIRALK KSSPSSLKIS LRSIREGRLQ GVGHCLTREY 301: RMVCHVMKGD LSKDLVEGCR AILIDKDRNP KWEPRRLEDM KDSMVDQFFE RVEEEERWED LKLSPRNNLH ALRIAAKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)