AT2G20860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : lipoic acid synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
LIP1,Lipoic acid synthase, | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
LIPOIC ACID SYNTHASE 1 (LIP1); FUNCTIONS IN: lipoic acid synthase activity; INVOLVED IN: lipoic acid biosynthetic process, glycine catabolic process; LOCATED IN: mitochondrion, mitochondrial matrix; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Lipoate synthase (InterPro:IPR003698), Elongator protein 3/MiaB/NifB (InterPro:IPR006638), Radical SAM (InterPro:IPR007197); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lipoic acid synthase family protein (TAIR:AT5G08415.1); Has 5683 Blast hits to 5683 proteins in 1186 species: Archae - 36; Bacteria - 2370; Metazoa - 113; Fungi - 91; Plants - 53; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3020 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8979636..8980983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41346.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 374 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MHSRSALLYR FLRPASRCFS SSSAVTPVTV TQSPKSLEAL RARLANESPS LTDFIHGDTY SVEVGTKKKP LPKPKWMKES IPGGERYVQI KKKLRDLKLH 101: TVCEEAKCPN LGECWSGGET GTATATIMIL GDTCTRGCRF CNVKTSRTPP PPDPNEPNNV AEAIASWGVD YVVITSVDRD DLPDQGSGHF AETVQRLKFL 201: KPEMLIEALV PDFRGDGGCV EKVSKSGLDV LAHNIETVEE LQSFVRDHRA NFKQSLDVLR MAKEYAPAGT LTKTSVMLGC GETPDQVVKT MEKVRAAGVD 301: VMTFGQYMRP SKRHMPVAEY VTPDAFERYR LLGMEMGFRY VASGPMVRSS YKAGEYYIKS MIEADRVASP STSP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)