AT1G78010.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : tRNA modification GTPase, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tRNA modification GTPase, putative; FUNCTIONS IN: GTP binding, GTPase activity; INVOLVED IN: small GTPase mediated signal transduction, tRNA modification; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Ras GTPase (InterPro:IPR001806), tRNA modification GTPase TrmE (InterPro:IPR004520), GTP-binding protein TrmE, N-terminal (InterPro:IPR018948), GTP-binding protein, HSR1-related (InterPro:IPR002917); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GTP-binding family protein (TAIR:AT3G12080.1); Has 37224 Blast hits to 31482 proteins in 3092 species: Archae - 387; Bacteria - 27903; Metazoa - 467; Fungi - 287; Plants - 322; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7858 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29333535..29336297 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61123.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 560 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSLLCFRSV GVYLLRQATP IITRGGRISR PISKNLCFVL FSSSPKTSLL KPRAQSSENN SLVFKGDERV VGLVGKVVDD AFDKVDRFQS SSTIVAIVTP 101: IGGPPGAVGI VRLSGPKAVE VARRVFRSAK KTKKKESDSD TWRPKSHFVE YGAVVDSNGN VVDEVLAVPM LAPRSYTRED VVELQCHGSE VCLRRVLRTC 201: VEAGARLAEP GEFTLRAFLN GRLDLSQAEN VEKLISAKSS AAADAALEGI QGGFSSLVKS LRAQCIELLT EIEARLDFED EMPPLDIESV INKITSMSQD 301: VESALDTANY DKLLQSGLQI AIVGRPNVGK SSLLNAWSKS ERAIVTEVAG TTRDVVEANV TVRGVPITLL DTAGIRETND IVEKIGVERS ETAAKVADVI 401: IMAVSAVEGW TEEDTELLRK IQSDKPMILV MNKIDCAPPG SCDQLEDQRK KEEVFHKSVF TSAVTGQGIE ELEDAILEIL GLDRVPTGGH QWTVNQRQCE 501: QLVRTKEALV RLREAIEDEI PIDFWTIELR EAALSLAQIS GQDVSEEVLS SIFAKFCIGK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)