AT1G75040.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : pathogenesis-related gene 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Thaumatin-like protein involved in response to pathogens. mRNA level of the PR-5 gene (At1g75040)is significantly changed after cutting the inflorescence stem indicating the existence of a network of signal transducing pathways as other stress-regulated genes (At5g01410, At3g17800, At1g29930)do not response to the treatment. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pathogenesis-related gene 5 (PR5); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: apoplast, cell wall, vacuole; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thaumatin, conserved site (InterPro:IPR017949), Thaumatin, pathogenesis-related (InterPro:IPR001938); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pathogenesis-related thaumatin superfamily protein (TAIR:AT1G75050.1); Has 1613 Blast hits to 1588 proteins in 178 species: Archae - 0; Bacteria - 37; Metazoa - 56; Fungi - 84; Plants - 1422; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 10 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:28177754..28178731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25253.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 239 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANISSIHIL FLVFITSGIA VMATDFTLRN NCPTTVWAGT LAGQGPKLGD GGFELTPGAS RQLTAPAGWS GRFWARTGCN FDASGNGRCV TGDCGGLRCN 101: GGGVPPVTLA EFTLVGDGGK DFYDVSLVDG YNVKLGIRPS GGSGDCKYAG CVSDLNAACP DMLKVMDQNN VVACKSACER FNTDQYCCRG ANDKPETCPP 201: TDYSRIFKNA CPDAYSYAYD DETSTFTCTG ANYEITFCP |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)