AT1G66470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ROOT HAIR DEFECTIVE6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ROOT HAIR DEFECTIVE6 (RHD6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helix-loop-helix DNA-binding domain (InterPro:IPR001092), Helix-loop-helix DNA-binding (InterPro:IPR011598); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RHD SIX-LIKE 1 (TAIR:AT5G37800.1); Has 2452 Blast hits to 2438 proteins in 100 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 23; Fungi - 2; Plants - 2416; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:24795326..24796598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32089.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 298 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALVNDHPNE TNYLSKQNSS SSEDLSSPGL DQPDAAYAGG GGGGGSASSS STMNSDHQQH QGFVFYPSGE DHHNSLMDFN GSSFLNFDHH ESFPPPAISC 101: GGSSGGGGFS FLEGNNMSYG FTNWNHQHHM DIISPRSTET PQGQKDWLYS DSTVVTTGSR NESLSPKSAG NKRSHTGEST QPSKKLSSGV TGKTKPKPTT 201: SPKDPQSLAA KNRRERISER LKILQELVPN GTKVDLVTML EKAISYVKFL QVQVKVLATD EFWPAQGGKA PDISQVKDAI DAILSSSQRD RNSNLITN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)