AT1G53270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC-2 type transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ABC-2 type transporter family protein; FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC-2 type transporter (InterPro:IPR013525), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABC-2 type transporter family protein (TAIR:AT2G13610.1); Has 412109 Blast hits to 371848 proteins in 4161 species: Archae - 7411; Bacteria - 324065; Metazoa - 9151; Fungi - 7073; Plants - 5804; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 58599 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:19862878..19864650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66208.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 590 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELPVKAPIP GGREISYRLE TKNLSYRIGG NTPKFSNLCG LLSEKEEKVI LKDVSCDARS AEITAIAGPS GAGKTTLLEI LAGKVSHGKV SGQVLVNGRP 101: MDGPEYRRVS GFVPQEDALF PFLTVQETLT YSALLRLKTK RKDAAAKVKR LIQELGLEHV ADSRIGQGSR SGISGGERRR VSIGVELVHD PNVILIDEPT 201: SGLDSASALQ VVTLLKDMTI KQGKTIVLTI HQPGFRILEQ IDRIVLLSNG MVVQNGSVYS LHQKIKFSGH QIPRRVNVLE YAIDIAGSLE PIRTQSCREI 301: SCYGHSKTWK SCYISAGGEL HQSDSHSNSV LEEVQILGQR SCKNIFRTKQ LFTTRALQAS IAGLILGSIY LNVGNQKKEA KVLRTGFFAF ILTFLLSSTT 401: EGLPIFLQDR RILMRETSRR AYRVLSYVLA DTLIFIPFLL IISMLFATPV YWLVGLRREL DGFLYFSLVI WIVLLMSNSF VACFSALVPN FIMGTSVISG 501: LMGSFFLFSG YFIAKDRIPV YWEFMHYLSL FKYPFECLMI NEYRGDVFLK QQDLKESQKW SNLGIMASFI VGYRVLGFFI LWYRCYRTRS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)