AT4G28630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC transporter of the mitochondrion 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Half-molecule ABC transporter ATM1. Arabidopsis thaliana has three ATM genes, namely ATM1, ATM2 and ATM3. Only ATM3 has an important function for plant growth. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ABC transporter of the mitochondrion 1 (ATM1); FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances, transporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (InterPro:IPR011527), ABC transporter integral membrane type 1 (InterPro:IPR017940), ABC transporter, transmembrane domain (InterPro:IPR001140), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABC transporter of the mitochondrion 2 (TAIR:AT4G28620.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:14138535..14140895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75472.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 678 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMRGSRFLLS RASLYHRLRS DHHHHSFSSF IKRSSIQRSP AINAFFTDPS PSPSPVNARV FFFSTSTSTP NQDQTKTASS KKILRTISSY LWMKDNPELR 101: FRVIAALACL IGAKFLNVQV PFLFKLSIDL LSSYSSSTIT DSNPYLLAAF ATPSSVLIGY GIARSGSSAF NELRTAVFSK VSLRTIRSVS RKVLSHLHDL 201: DLRYHLNRET GALNRIIDRG SRAINTILSA MVFNVVPTIL EISMVTGILA YNFGPVFALI TSLSVGSYIA FTLVVTQYRT KFRKAMNQAD NDASTRAIDS 301: LVNYETVKYF NNEDYEARKY DDLLGRYEDA ALQTQKSLAF LDFGQSFIFS TALSTSMVLC SQGIMNGEMT VGDLVMVNGL LFQLSLPLYF LGGVYRETVQ 401: GLVDMKSLFQ LLEERSDIGD KDTETKLPPL VLRGGSISFE NVHFSYLPER KILDGISFEV PAGKSVAIVG SSGSGKSTIL RMIFRFFDTD SGNVRIDGQD 501: IKEVTLESLR SCIGVVPQDT VLFNDTIFHN IHYGNLSATE EEVYDAARRA VIHDTIMKFP DKYSTAVGER GLMLSGGEKQ RVALARAFLK SPAILLCDEA 601: TNALDSKTEA EIMKTFRSLA SNRTCIFIAH RLTTAMQCDE IIVMEKGKVV EKGTHQVLLE KSGRYAKLWT QQNSTLEV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)