AT1G47490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding protein 47C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding protein 47C (RBP47C); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding protein 47C' (TAIR:AT1G47500.1); Has 33065 Blast hits to 20848 proteins in 888 species: Archae - 16; Bacteria - 2226; Metazoa - 17066; Fungi - 3800; Plants - 6752; Viruses - 82; Other Eukaryotes - 3123 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:17424801..17427182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48500.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 432 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADVKIQSES ESSDSHPVVD NQPPPPPPPP QQPAKEEENQ PKTSPTPPPH WMRYPPTVII PHQMMYAPPP FPPYHQYPNH HHLHHQSRGN KHQNAFNGEN 101: KTIWVGDLHH WMDEAYLNSS FASGDEREIV SVKVIRNKNN GLSEGYGFVE FESHDVADKV LREFNGTTMP NTDQPFRLNW ASFSTGEKRL ENNGPDLSIF 201: VGDLSPDVSD NLLHETFSEK YPSVKAAKVV LDANTGRSKG YGFVRFGDEN ERTKAMTEMN GVKCSSRAMR IGPATPRKTN GYQQQGGYMP NGTLTRPEGD 301: IMNTTIFVGG LDSSVTDEDL KQPFNEFGEI VSVKIPVGKG CGFVQFVNRP NAEEALEKLN GTVIGKQTVR LSWGRNPANK QPRDKYGNQW VDPYYGGQFY 401: NGYGYMVPQP DPRMYPAAPY YPMYGGHQQQ VS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)