AT1G31885.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.923 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NOD26-like intrinsic protein 3;1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
NOD26-like intrinsic protein 3;1 (NIP3;1); FUNCTIONS IN: transporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein, conserved site (InterPro:IPR022357), Aquaporin (InterPro:IPR012269), Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NOD26-like intrinsic protein 1;2 (TAIR:AT4G18910.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:11450460..11451985 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34580.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 323 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEISDITTQ TQTVVLDIEN YQSIDDSRSS DLSAPLVSVS FVQKLIGEFV GTFTMIFAGC SAIVVNETYG KPVTLPGIAL VWGLVVTVMI YSIGHVSGAH 101: FNPAVSIAFA SSKKFPFNQV PGYIAAQLLG STLAAAVLRL VFHLDDDVCS LKGDVYVGTY PSNSNTTSFV MEFIATFNLM FVISAVATDK RATGSFAGIA 201: IGATIVLDIL FSGPISGASM NPARSLGPAL IWGCYKDLWL YIVSPVIGAL SGAWTYGLLR STKKSYSEII RPNCNKVSSR DRQEASQDEI CVLRVVDPAN 301: QNYFICSSPT DINGKCNVTC KLA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)