AT1G14240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.597 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GDA1/CD39 nucleoside phosphatase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
GDA1/CD39 nucleoside phosphatase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleoside phosphatase GDA1/CD39 (InterPro:IPR000407); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GDA1/CD39 nucleoside phosphatase family protein (TAIR:AT1G14250.1); Has 1471 Blast hits to 1463 proteins in 237 species: Archae - 0; Bacteria - 39; Metazoa - 609; Fungi - 317; Plants - 332; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 174 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4865159..4867777 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53428.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 483 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTPETDALKV QILPKHQSLP YTVTKAKSKS LILLVVVSVT ITLGLLLYVF NSNSVISSGS LLSRRCKLRY SVLIDAGSSG TRVHVFGYWF ESGKPVFDFG 101: EKHYANLKLT PGLSSYADNP EGASVSVTKL VEFAKQRIPK RMFRRSDIRL MATAGMRLLE VPVQEQILEV TRRVLRSSGF MFRDEWANVI SGSDEGIYSW 201: ITANYALGSL GTDPLETTGI VELGGASAQV TFVSSEHVPP EYSRTIAYGN ISYTIYSHSF LDYGKDAALK KLLEKLQNSA NSTVDGVVED PCTPKGYIYD 301: TNSKNYSSGF LADESKLKGS LQAAGNFSKC RSATFALLKE GKENCLYEHC SIGSTFTPDL QGSFLATASF YYTAKFFELE EKGWLSELIP AGKRYCGEEW 401: SKLILEYPTT DEEYLRGYCF SAAYTISMLH DSLGIALDDE SITYASKAGE KHIPLDWALG AFILDVVTPN SDYNGKSRKY LGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)