AT1G13860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.570 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : QUASIMODO2 LIKE 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes QUASIMODO2 LIKE1 (QUL1), a paralog of QUASIMODO2 (QUA2). AT1G78240 (QUA2), AT1G13860 (QUL1) and AT2G03480 (QUL2) form a clade with a possible role in plant vasculature development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
QUASIMODO2 LIKE 1 (QUL1); INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF248, methyltransferase putative (InterPro:IPR004159); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: QUASIMODO2 LIKE 2 (TAIR:AT2G03480.1); Has 1203 Blast hits to 1184 proteins in 159 species: Archae - 7; Bacteria - 235; Metazoa - 0; Fungi - 10; Plants - 903; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 48 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4743754..4746256 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68004.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 603 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKVASVIGLR PRISGLLFLT LGVIALITIL VPNSDSSSTT STTRVPPSNI YSNYGRVKEQ AAVDYLDLRF FSLGVNRLKE FPLCGKERDN YVPCYNVTES 101: DRNCEFAREE ERCLVRPPRD YKIPLRWPVG RDIIWTGNVK ITKDQFLSSG TMTKRLMLLE ENQITFHSDD GLIFDGVKDY AFQIAEMIGL GSDTEFPQAG 201: IRTVLDIGCG FGSFGAHLVS LNVMPICIAE YETSGSQVQL ALERGLPAMI GNFFSKQLPY PALSFDMVHC AQCGITWDIK DAMLLLEVDR VLKPGGYFVL 301: TSPTSKAQGN SPDTKKTSIS TRVDELSKKI CWSLSGQQDE TFLWQKTADP NCYSSRSQAS IPVCKDDDSV PYYHPLVPCI SGTKSKRWIP IQNRSRASGT 401: SLSELEIHGI KPEEFDEDIQ VWRSALKNYW SLLTPLIFSD HPKRPGDEDP VPPFYMIRNA MDMNARYGNL NQALLNQGKS VWVMNVVPVK ARNTLPIILD 501: RGFTGALHDW CEPFPTYPRT YDMLHANELL THLSSERCSL MDLFLEMDRI LRPEGWVVLS DKLGVIEMAR TLAARVRWEA RVIDIQDGSD QRLLVCQKPL 601: LKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)