AT1G08350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.642 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Endomembrane protein 70 protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Endomembrane protein 70 protein family; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nonaspanin (TM9SF) (InterPro:IPR004240); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Endomembrane protein 70 protein family (TAIR:AT5G37310.1); Has 1520 Blast hits to 1507 proteins in 318 species: Archae - 0; Bacteria - 3; Metazoa - 602; Fungi - 224; Plants - 440; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 251 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2632970..2635055 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58638.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 508 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSLYKLKFR EDKTHFVLCR KRLTSSDIAR FRDIIAQDYY FQMYYDDLPL WGFVGKVEGD YFGQGEKHTK YYIFSHLKFN VLYNADKVIE INSFSDPSYM 101: VDISENTEID VQFTYSVSWN LTSERSETRM NKYSRASFHP ISQKIHFFSF LNSITVVVLL IGLISFLFMR HLKNELRSYS IGDEEERKEA GWKLVHSDVF 201: RCPRNISWLC AILGTGTQLL ILIIALFALA FTGFLYPYNR GMLLTSLVIM YTLTSIVAGY TSTSFHSQFE GNKQKRSVRL AGILYPVPFF IILSVLNTVA 301: ITYGATAALP FGTIVIIILI FTLLNIPFLM LGGVLGNRFG LLEFQPPSAV KRNPREIPPQ NWYRRKLYQV FLGGFVPFSA VVLEWHQLYA SLWGFKIYTS 401: PGIMLFTFIV LIFLSSSVGI ILTYIQLSGE DHEWWWRSIL CGGFTAVFMY GYGVLFYLRS DMTGFLQLSF YLGYTALLCY ALFLVLGTIS FLASLMFIRH 501: IYRSVKLE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)