AT3G03710.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : polyribonucleotide nucleotidyltransferase, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplast polynucleotide phosphorylase (PNPase). Involved in response to phosphorus (P) starvation. Mutants impaired in the expression of this gene have been selected through their resistance to fosmidomycin, a strong inhibitor of DXR, an enzyme of the methylerythritol-dependent IPP biosynthesis pathway. The pathway enzymes were upregulated in the mutant seedlings. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
resistant to inhibition with FSM 10 (RIF10); FUNCTIONS IN: polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity, 3'-5'-exoribonuclease activity, RNA binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: chlorophyll biosynthetic process, cellular response to phosphate starvation, xanthophyll biosynthetic process, carotene biosynthetic process, negative regulation of isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate-independent pathway; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: K Homology, type 1, subgroup (InterPro:IPR018111), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 (InterPro:IPR015847), Ribosomal protein S1, RNA-binding domain (InterPro:IPR003029), Polynucleotide phosphorylase, phosphorolytic RNA-binding, bacterial/organelle-type (InterPro:IPR015848), K Homology (InterPro:IPR004087), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), K Homology, type 1 (InterPro:IPR004088), Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 (InterPro:IPR001247), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (InterPro:IPR012162); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: polyribonucleotide nucleotidyltransferase, putative (TAIR:AT5G14580.1); Has 29137 Blast hits to 25785 proteins in 2865 species: Archae - 377; Bacteria - 19207; Metazoa - 333; Fungi - 67; Plants - 272; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 8881 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:919542..924906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 99572.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 922 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLTSPSNALH SSTPQFWPLR RSKLCRSRNF PRFHSGERSS GGGGKLCSLS LLSGSGAGKF SVRALVRPDD TDDADSVGDG SLAFPNHVSV KIPFGNREIL 101: VETGLMGRQA SSAVTVTDGE TIVYTSVCLA DVPSEPSDFL PLYVHYQERF SAVGRTSGGF FKREGRTKDH EVLICRLIDR PLRPTMPKGF YNETQILSWV 201: LSYDGLHAPD ALAVTSAGIA VALSEVPNAK AIAGVRVGLI GGEFIVNPTV KEMEESQLDL FLAGTDTAIL TIEGYSNFLP EEMLLQAVKV GQDAVQATCI 301: AIEVLAKKYG KPKMLDAIRL PPPELYKHVK ELAGEELTKA LQIKSKISRR KAISSLEEKV LTILTEKGYV IDEVAFGTIE AQPDLLEDED EDEEVVPEGE 401: VDQGDVHIRP IPRKPIPLLF SEVDVKLVFK EVSSKLLRRR IVEGGKRSDG RTLDEIRPIN SRCGLLPRAH GSTLFTRGET QALAVVTLGD KQMAQRIDNL 501: EGSDEYKRFY LQYTFPPSSV GEVGRIGAPS RREIGHGTLA ERALETILPS DDDFPYTIRV ESTVIESNGS SSMASVCGGC LALQDAGVPV KCSVAGIAMG 601: MVWDTEEFGG DGSPLILSDI TGAEDASGDM DFKVAGNEDG VTAFQMDIKV GGITLEIMEK ALIQAKAGRR HILAEMAKCS PPPTLSLSKY APLILIMKVH 701: PSKVYSLIGS GGKKVKSIIE ESGVEAIDMQ DDGTVKIMAI DVASLERAKA IISGLTMVPS VGDIYRNCEI KSMAPYGAFV EIAPGREGLC HISELSAEWL 801: AKPEDAYKVG DRIDVKLIEV NEKGQLRLSV RALLPESETD KDSQKQQPAG DSTKDKSSQR KYVNTSSKDR AAAGASKVSS GDELVLKKKD VRRATGGSSD 901: KTMNSNSSTN EESLVNGEAT IS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)