AT2G24200.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Cytosol aminopeptidase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Cytosol aminopeptidase family protein; FUNCTIONS IN: manganese ion binding, metalloexopeptidase activity, aminopeptidase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, proteolysis; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal (InterPro:IPR000819), Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, N-terminal (InterPro:IPR008283), Peptidase M17, leucyl aminopeptidase (InterPro:IPR011356); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cytosol aminopeptidase family protein (TAIR:AT4G30920.1); Has 9835 Blast hits to 9833 proteins in 2023 species: Archae - 18; Bacteria - 5432; Metazoa - 659; Fungi - 36; Plants - 122; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 3567 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:10287017..10289450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54512.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 520 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAHTLGLTQP NSTEPHKISF TAKEIDVIEW KGDILVVGVT EKDLAKDGNS KFENPILSKV DAHLSGLLAQ VSSEEDFTGK PGQSTVLRLP GLGSKRIALI 101: GLGQSVSSPV AFHSLGEAVA TVSKASQSTS AAIVLASSVS DESKLSSVSA LASGIVLGLF EDGRYKSESK KPSLKAVDII GFGTGAEVEK KLKYAEDVSY 201: GVIFGRELIN SPANVLTPAV LAEEAAKVAS TYSDVFTANI LNEEQCKELK MGSYLAVAAA SANPPHFIHL VYKPPNGSVK TKLALVGKGL TFDSGGYNIK 301: TGPGCSIELM KFDMGGSAAV LGAAKAIGEI KPPGVEVHFI VAACENMISG TGMRPGDVIT ASNGKTIEVN NTDAEGRLTL ADALVYACNQ GVDKIVDLAT 401: LTGACVIALG TSMAGIYTPS DELAKEVIAA SERSGEKLWR MPLEESYWEM MKSGVADMVN TGGRAGGSIT AALFLKQFVS EKVQWMHIDM AGPVWNEKKK 501: SGTGFGVATL VEWVQKNSSS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)