AT5G10240.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : asparagine synthetase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes asparagine synthetase (ASN3). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
asparagine synthetase 3 (ASN3); FUNCTIONS IN: asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) activity; INVOLVED IN: asparagine biosynthetic process; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Asparagine synthase (InterPro:IPR001962), Asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing (InterPro:IPR006426), Glutamine amidotransferase, type II (InterPro:IPR017932); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: asparagine synthetase 2 (TAIR:AT5G65010.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3212934..3216418 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65230.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 578 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCGILAVLGC VDNSQAKRSR IIELSRRLRH RGPDWSGLHC YEDCYLAHER LAIVDPTSGD QPLYNEDKTI AVTVNGEIYN HKALRENLKS HQFRTGSDCE 101: VIAHLYEEHG EEFVDMLDGM FAFVLLDTRD KSFIAARDAI GITPLYIGWG LDGSVWFASE MKALSDDCEQ FMCFPPGHIY SSKQGGLRRW YNPPWFSEVV 201: PSTPYDPLVV RNTFEKAVIK RLMTDVPFGV LLSGGLDSSL VASVALRHLE KSEAACQWGS KLHTFCIGLK GSPDLKAGRE VADYLGTRHH ELHFTVQDGI 301: DAIEEVIYHV ETYDVTTIRA STPMFLMSRK IKSLGVKMVL SGEGSDEIFG GYLYFHKAPN KKEFHEETCR KIKALHQYDC LRANKSTSAW GVEARVPFLD 401: KEFINVAMSI DPEWKMIRPD LGRIEKWVLR NAFDDEKNPY LPKHILYRQK EQFSDGVGYS WIDGLKDHAN KHVSETMLMN ASFVFPDNTP LTKEAYYYRT 501: IFEKFFPKSA ARATVPGGPS VACSTAKAVE WDAAWSQNLD PSGRAALGVH VSAYGEDKTE DSRPEKLQKL AEKTPAIV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)