AT5G04940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SU(VAR)3-9 homolog 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a SU(VAR)3-9 homolog, a SET domain protein. Known SET domain proteins are involved in epigenetic control of gene expression and act as histone methyltransferases. There are 10 SUVH genes in Arabidopsis and members of this subfamily of the SET proteins have an additional conserved SRA domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SU(VAR)3-9 homolog 1 (SUVH1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SET domain (InterPro:IPR001214), SRA-YDG (InterPro:IPR003105), Pre-SET zinc-binding sub-group (InterPro:IPR003606), Post-SET domain (InterPro:IPR003616), Pre-SET domain (InterPro:IPR007728); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SU(VAR)3-9 homolog 3 (TAIR:AT1G73100.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1454616..1456628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74475.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 670 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MERNGGHYTD KTRVLDIKPL RTLRPVFPSG NQAPPFVCAP PFGPFPPGFS SFYPFSSSQA NQHTPDLNQA QYPPQHQQPQ NPPPVYQQQP PQHASEPSLV 101: TPLRSFRSPD VSNGNAELEG STVKRRIPKK RPISRPENMN FESGINVADR ENGNRELVLS VLMRFDALRR RFAQLEDAKE AVSGIIKRPD LKSGSTCMGR 201: GVRTNTKKRP GIVPGVEIGD VFFFRFEMCL VGLHSPSMAG IDYLVVKGET EEEPIATSIV SSGYYDNDEG NPDVLIYTGQ GGNADKDKQS SDQKLERGNL 301: ALEKSLRRDS AVRVIRGLKE ASHNAKIYIY DGLYEIKESW VEKGKSGHNT FKYKLVRAPG QPPAFASWTA IQKWKTGVPS RQGLILPDMT SGVESIPVSL 401: VNEVDTDNGP AYFTYSTTVK YSESFKLMQP SFGCDCANLC KPGNLDCHCI RKNGGDFPYT GNGILVSRKP MIYECSPSCP CSTCKNKVTQ MGVKVRLEVF 501: KTANRGWGLR SWDAIRAGSF ICIYVGEAKD KSKVQQTMAN DDYTFDTTNV YNPFKWNYEP GLADEDACEE MSEESEIPLP LIISAKNVGN VARFMNHSCS 601: PNVFWQPVSY ENNSQLFVHV AFFAISHIPP MTELTYDYGV SRPSGTQNGN PLYGKRKCFC GSAYCRGSFG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)