AT4G36830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GNS1/SUR4 membrane protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
HOS3-1; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: 13 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GNS1/SUR4 membrane protein (InterPro:IPR002076); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GNS1/SUR4 membrane protein family (TAIR:AT1G75000.1); Has 156 Blast hits to 156 proteins in 54 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 19; Fungi - 37; Plants - 71; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 27 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17349511..17350380 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32784.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 289 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTALINSIT YFLSEHPYIV GFRWSNSQSW GSTWSFLFTS ISLYIAVSSS LHILLSAVRR SNRSVPLGHI PEIHSLLMSI LSATIFAGIL LSAAAEIRDT 101: RWLWRRSKTA TPLQWLLCFP LGTRPSGRVF FWSYVFYLTR FLHMFRTIFA VLRSRRLAVS QLFCNSVMAF TSFLWLEFSQ SYQILAILST TLVYSVVYGY 201: RFWTGFGLPG SAFPSFVVNC QLVLVGCNLV SHAGVLTMHL FKGGCNGIGA WGLNSVLNGA ILLLFLNFYV RMHSPMRRHI NKMNSQRNA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)