AT3G54890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : photosystem I light harvesting complex gene 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a component of the light harvesting complex associated with photosystem I. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
photosystem I light harvesting complex gene 1 (LHCA1); FUNCTIONS IN: chlorophyll binding; INVOLVED IN: response to blue light, response to red light, photosynthesis, light harvesting in photosystem I, response to far red light, photosynthesis; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 29 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chlorophyll A-B binding protein (InterPro:IPR001344); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: light harvesting complex photosystem II (TAIR:AT3G08940.2); Has 2394 Blast hits to 2306 proteins in 223 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 3; Fungi - 0; Plants - 1992; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 399 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20339706..20340922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25997.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 241 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASNSLMSCG IAAVYPSLLS SSKSKFVSAG VPLPNAGNVG RIRMAAHWMP GEPRPAYLDG SAPGDFGFDP LGLGEVPANL ERYKESELIH CRWAMLAVPG 101: ILVPEALGYG NWVKAQEWAA LPGGQATYLG NPVPWGTLPT ILAIEFLAIA FVEHQRSMEK DPEKKKYPGG AFDPLGYSKD PKKLEELKVK EIKNGRLALL 201: AFVGFCVQQS AYPGTGPLEN LATHLADPWH NNIGDIVIPF N |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)