AT5G67580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like/winged-helix DNA-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a telomeric DNA binding protein. In vitro, the protein preferentially binds double-stranded telomeric repeats, but it can also bind to the single G-rich telomeric strand. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TRB2; FUNCTIONS IN: single-stranded telomeric DNA binding, DNA binding, protein homodimerization activity, sequence-specific DNA binding transcription factor activity, double-stranded telomeric DNA binding; INVOLVED IN: in 8 processes; LOCATED IN: nucleus, nucleosome; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Histone H1/H5 (InterPro:IPR005818), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: telomere repeat binding factor 3 (TAIR:AT3G49850.1); Has 792 Blast hits to 790 proteins in 134 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 127; Fungi - 75; Plants - 516; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 72 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:26955843..26957073 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33015.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 299 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGAPKQKWTP EEEAALKAGV LKHGTGKWRT ILSDTEFSLI LKSRSNVDLK DKWRNISVTA LWGSRKKAKL ALKRTPPGTK QDDNNTALTI VALTNDDERA 101: KPTSPGGSGG GSPRTCASKR SITSLDKIIF EAITNLRELR GSDRTSIFLY IEENFKTPPN MKRHVAVRLK HLSSNGTLVK IKHKYRFSSN FIPAGARQKA 201: PQLFLEGNNK KDPTKPEENG ANSLTKFRVD GELYMIKGMT AQEAAEAAAR AVAEAEFAIT EAEQAAKEAE RAEAEAEAAQ IFAKAAMKAL KFRIRNHPW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)