AT5G65240.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Leucine-rich repeat protein kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Leucine-rich repeat protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Leucine-rich repeat-containing N-terminal domain, type 2 (InterPro:IPR013210), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: leucine-rich repeat transmembrane protein kinase family protein (TAIR:AT5G10290.1); Has 171540 Blast hits to 120162 proteins in 4168 species: Archae - 111; Bacteria - 15580; Metazoa - 44244; Fungi - 8258; Plants - 84298; Viruses - 433; Other Eukaryotes - 18616 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:26074980..26077650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67722.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 607 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALLIITALV FSSLWSSVSP DAQGDALFAL RSSLRASPEQ LSDWNQNQVD PCTWSQVICD DKKHVTSVTL SYMNFSSGTL SSGIGILTTL KTLTLKGNGI 101: MGGIPESIGN LSSLTSLDLE DNHLTDRIPS TLGNLKNLQF LTLSRNNLNG SIPDSLTGLS KLINILLDSN NLSGEIPQSL FKIPKYNFTA NNLSCGGTFP 201: QPCVTESSPS GDSSSRKTGI IAGVVSGIAV ILLGFFFFFF CKDKHKGYKR DVFVDVAGEV DRRIAFGQLR RFAWRELQLA TDEFSEKNVL GQGGFGKVYK 301: GLLSDGTKVA VKRLTDFERP GGDEAFQREV EMISVAVHRN LLRLIGFCTT QTERLLVYPF MQNLSVAYCL REIKPGDPVL DWFRRKQIAL GAARGLEYLH 401: EHCNPKIIHR DVKAANVLLD EDFEAVVGDF GLAKLVDVRR TNVTTQVRGT MGHIAPECIS TGKSSEKTDV FGYGIMLLEL VTGQRAIDFS RLEEEDDVLL 501: LDHVKKLERE KRLEDIVDKK LDEDYIKEEV EMMIQVALLC TQAAPEERPA MSEVVRMLEG EGLAERWEEW QNLEVTRQEE FQRLQRRFDW GEDSINNQDA 601: IELSGGR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)