AT5G65000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.355 extracellular 0.349 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleotide-sugar transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Nucleotide-sugar transporter family protein; FUNCTIONS IN: nucleotide-sugar transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: carbohydrate transport, nucleotide-sugar transport; LOCATED IN: integral to membrane, Golgi membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleotide-sugar transporter (InterPro:IPR007271), UDP/CMP-sugar transporter (InterPro:IPR021189); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nucleotide-sugar transporter family protein (TAIR:AT4G35335.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25965123..25967307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34837.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 325 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATANGAKSP SSMGPKVLFY SILLTLQYGA QPLISKRCIR KDVIVTSSVL TCEIVKVICA LILMARNGSL KGLAKEWTLM GSLTASGLPA AIYALQNSLL 101: QISYRSLDSL TFSILNQTKI FFTAFFTFII LRQKQSILQI GALCLLIMAA VLLSVGEGSN KDSSGINADQ KLFYGIIPVL AASVLSGLAS SLCQWASQVK 201: KHSSYLMTVE MSIVGSLCLL VSTLKSPDGE AIKKYGFFHG WTALTLVPVI SNALGGILVG LVTSHAGGVR KGFVIVSALL VTALLQFAFE GKPPSSYCLV 301: ALPLVMSSIS MYQKYPYIDK KKKKV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)