AT5G64640.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily; FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: plasma membrane, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT5G09760.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:25836820..25839053 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65480.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 602 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSPTLPHSI SASSSTPFAS AAVKPHRNKL LSRNGILIII AASCILLLLI SLLIYATVSK SSRNHHNPSH QTPTSDDHPP PETPPSPPPI AQIRLACNAT 101: RFPDHCVASL SKPGQVPPDP KPVQIIHSAI SVSYENLKSG QSKIQSILDS SAGNRNRTNI ATICLEILSY SQHRTESTDI AVTSGDIKDA RAWMSAALAY 201: QFDCWSGLKT VNDTKQVVDT ITFFEGLVNL TGNALSMMLS FDSFGDDVVS WIRPATERDG FWEKAGPSLG SGTGTEASLG FPSGLTEDVT VCKNGGKDCK 301: YKTVQEAVDS APDTNRTVKF VIRIREGVYE ETVRVPFEKK NVVFIGDGMG KTVITGSLNV GQPGMTTFES ATVGVLGDGF MARDLTIENT AGADAHQAVA 401: FRSDSDFSVL ENCEFLGNQD TLYAHSLRQF YKQCRIQGNV DFIFGNSAAV FQDCDILIAS KHSKLEQGGA NNAITAHGRI DASQSTGFVF LNCSINGTEE 501: YMKEFQANPE GHKNFLGRPW KEFSRTVFVN CNLESLISPD GWMPWNGDFA LKTLYYGEYK NTGPGSVRSS RVPWSSEIPE KHVDVYSVAN FIQADEWAST 601: TA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)