AT5G64300.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : GTP cyclohydrolase II | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes GTP cyclohydrolase II that can functionally complement E. coli mutant deficient in this gene. It also has 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity which makes it a bifunctional enzyme involved in the formation of the pyrimidine and of the carbohydrate from GTP and ribulose-5-phosphate, respectively | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GTP cyclohydrolase II (GCH); FUNCTIONS IN: 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity, GTP cyclohydrolase II activity; INVOLVED IN: riboflavin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GTP cyclohydrolase II (InterPro:IPR000926), DHBP synthase RibB (InterPro:IPR000422), DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain (InterPro:IPR017945); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: riboflavin biosynthesis protein, putative (TAIR:AT2G22450.1); Has 11690 Blast hits to 11688 proteins in 2324 species: Archae - 209; Bacteria - 6956; Metazoa - 1; Fungi - 397; Plants - 132; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3995 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:25718459..25720790 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59059.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 543 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSINLSSSS PSTISLSRSR LSQSSTTLLH GLHRVTLPSN HPLSTFSIKT NTGKVKAAVI SREDDLLSFT NGNTPLSNGS LIDDRTEEPL EADSVSLGTL 101: AADSAPAPAN GFVAEDDDFE LDLPTPGFSS IPEAIEDIRQ GKLVVVVDDE DRENEGDLVM AAQLATPEAM AFIVRHGTGI VCVSMKEDDL ERLHLPLMVN 201: QKENEEKLST AFTVTVDAKH GTTTGVSARD RATTILSLAS RDSKPEDFNR PGHIFPLKYR EGGVLKRAGH TEASVDLTVL AGLDPVGVLC EIVDDDGSMA 301: RLPKLREFAA ENNLKVVSIA DLIRYRRKRD KLVERASAAR IPTMWGPFTA YCYRSILDGI EHIAMVKGEI GDGQDILVRV HSECLTGDIF GSARCDCGNQ 401: LALSMQQIEA TGRGVLVYLR GHEGRGIGLG HKLRAYNLQD AGRDTVEANE ELGLPVDSRE YGIGAQIIRD LGVRTMKLMT NNPAKYVGLK GYGLAIVGRV 501: PLLSLITKEN KRYLETKRTK MGHMYGLKFK GDVVEKIESE SES |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)