AT5G64220.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Calmodulin-binding transcription activator protein with CG-1 and Ankyrin domains | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Calmodulin-binding transcription activator protein with CG-1 and Ankyrin domains; FUNCTIONS IN: calmodulin binding, transcription regulator activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), CG-1 (InterPro:IPR005559), IQ calmodulin-binding region (InterPro:IPR000048), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ethylene induced calmodulin binding protein (TAIR:AT5G09410.2); Has 14517 Blast hits to 9081 proteins in 522 species: Archae - 46; Bacteria - 904; Metazoa - 8296; Fungi - 946; Plants - 937; Viruses - 67; Other Eukaryotes - 3321 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:25686434..25691903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 117264.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1050 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MADRGSFGFA PRLDIKQLLS EAQHRWLRPA EICEILRNHQ KFHIASEPPN RPPSGSLFLF DRKVLRYFRK DGHNWRKKKD GKTVKEAHEK LKVGSIDVLH 0101: CYYAHGEDNE NFQRRCYWML EQDLMHIVFV HYLEVKGNRM STSGTKENHS NSLSGTGSVN VDSTATRSSI LSPLCEDADS GDSRQASSSL QQNPEPQTVV 0201: PQIMHHQNAS TINSYNTTSV LGNRDGWTSA HGNRVKGSNS QRSGDVPAWD ASFENSLARY QNLPYNAPLT QTQPSTFGLI PMEGKTEKGS LLTSEHLRNP 0301: LQSQVNWQTP VQESVPLQKW PMDSHSGMTD ATDLALFGQG AHENFGTFSS LLGSQDQQSS SFQAPFTNNE AAYIPKLGPE DLIYEASANQ TLPLRKALLK 0401: KEDSLKKVDS FSRWVSKELG EMEDLQMQSS SGGIAWTSVE CENAAAGSSL SPSLSEDQRF TMIDFWPKWT QTDSEVEVMV IGTFLLSPQE VTSYSWSCMF 0501: GEVEVPADIL VDGVLCCHAP PHEVGRVPFY ITCSDRFSCS EVREFDFLPG STRKLNATDI YGANTIETSL HLRFENLLAL RCSVQEHHIF ENVGEKRRKI 0601: SKIMLLKDEK EPPLPGTIEK DLTELEAKER LIREEFEDKL YLWLIHKVTE EGKGPNILDE DGQGVLHLAA ALGYDWAIKP ILAAGVSINF RDANGWSALH 0701: WAAFSGREDT VAVLVSLGAD AGALADPSPE HPLGKTAADL AYGNGHRGIS GFLAESSLTS YLEKLTVDAK ENSSADSSGA KAVLTVAERT ATPMSYGDVP 0801: ETLSMKDSLT AVLNATQAAD RLHQVFRMQS FQRKQLSELG GDNKFDISDE LAVSFAAAKT KKSGHSSGAV HAAAVQIQKK YRGWKKRKEF LLIRQRIVKI 0901: QAHVRGHQVR KQYRAIIWSV GLLEKIILRW RRKGSGLRGF KRDTISKPTE PVCPAPQEDD YDFLKEGRKQ TEERLQKALT RVKSMAQYPE ARAQYRRLLT 1001: VVEGFRENEA SSSSALKNNT EEAANYNEED DLIDIDSLLD DDTFMSLAFE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)