AT5G63700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc ion binding;DNA binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
zinc ion binding;DNA binding; FUNCTIONS IN: DNA binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: histone modification, transcription initiation; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Plus-3 domain, subgroup (InterPro:IPR018144), SWIB/MDM2 domain (InterPro:IPR003121), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965), Plus-3 (InterPro:IPR004343), Zinc finger, FYVE/PHD-type (InterPro:IPR011011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SWIB/MDM2 domain;Plus-3;GYF (TAIR:AT5G08430.1); Has 1143 Blast hits to 955 proteins in 114 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 778; Fungi - 27; Plants - 204; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 129 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25493934..25497632 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69488.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 602 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARDMNVVEI LDDEEEDEKE CEDWCFICKD GGNLMLCDFK DCPKVYHESC VEKDSSASKN GDSYICMWHS CYLCKKTPKL CCLCCSHAVC EGCVTHAEFI 101: QLKGDKGLCN QCQEYVFALE EIQEYDAAGD KLDLTDRNTF ECLFLEYWEI AKKQEGLTFD DVRKVCASKP QKKGVKSKYK DDPKFSLGDV HTSKSQKKGD 201: KLKNKDDPKF ALGDAHTSKS GKKGVKLKNK DDPKFLVSDH AVEDAVDYKK VGKNKRMEFI RWGSKPLIDF LTSIGEDTRE AMSQHSVESV IRRYIREKNL 301: LDREKKKKVH CDEKLYSIFR KKSINQKRIY TLLNTHLKEN LDQVEYFTPL ELGFIEKNEK RFSEKNDKVM MPCKKQKTES SDDEICEKEV QPEMRATGFA 401: TINADNLKLV YLRKSLVLEL LKQNDSFVDK VVGSFVKVKN GPRDFMAYQI LQVTGIKNAD DQSEGVLLHV SGMASGVSIS KLDDSDIREE EIKDLKQKVM 501: NGLLRQTTVV EMEQKAKALH YDITKHWIAR QLNILQKRIN CANEKGWRRE LEEYLEQREL LEKPSEQERL LKEIPRIIED FIEIKQEPCV GGLSHEAVIN 601: ID |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)