AT5G63490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CBS / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domains-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CBS / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domains-containing protein; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Octicosapeptide/Phox/Bem1p (InterPro:IPR000270), Cystathionine beta-synthase, core (InterPro:IPR000644); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CBS / octicosapeptide/Phox/Bemp1 (PB1) domains-containing protein (TAIR:AT5G50530.1); Has 8040 Blast hits to 6478 proteins in 1504 species: Archae - 1004; Bacteria - 5599; Metazoa - 7; Fungi - 119; Plants - 199; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1112 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25418716..25421970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59438.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 543 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASQGGPRRS LSVTTASLHG KKKSMDMAER GLDTGRRSLT VSRSPLGLTG GERTVKRLRL SKALTVPATT TIYEACKRMA SRRVDALLLT DSNEMLCGIL 101: TDKDIATRVI SQELNVEETP VSKVMTKNPM FVLSETLAVE ALQKMVQGKF RHLPVVENGE VIALLDIAKC LYDAIARMER AAEKGKAIAA AVEGVEKSWG 201: TNTSVPNTFI ETLRDRMFRP SLSTIIPDDT KVLKVSPTDT VLTVAKKMVE FQSSCAVVII EDKLRGIFTS KDILMRVVAE NLPPSETLVE TVMTQNPEST 301: IVDTPIVEAL HIMHEGKFLH LPVTDKEGDV VAVVDVIHVT HAAVATAGTT AGIGNEATNT MMQKFWDSAM ALSPNEDDED SRSESSMKVA SEAETGKSFP 401: FANTFSFKIE DKKHRKHRFI SDTRSLTEVI TAIIQRVGDD IDPDNFPQIL YEDEDHDKVL LASDSDLQAA IEHAKSIGWK SLRLHLDDSR EGKGRRRRRA 501: SGSAESMEYV ETDAWAAAYS GVAAGAALVA GLGFMAFLRK FGH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)