AT5G62890.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.891 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Xanthine/uracil permease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Xanthine/uracil permease family protein; FUNCTIONS IN: transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: cell wall, vacuole, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Xanthine/uracil/vitamin C permease (InterPro:IPR006043); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Xanthine/uracil permease family protein (TAIR:AT5G49990.1); Has 9339 Blast hits to 9322 proteins in 1919 species: Archae - 67; Bacteria - 7633; Metazoa - 348; Fungi - 130; Plants - 461; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 699 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:25243723..25247075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57583.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 532 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGGGAPAPK ADEPQPHPPK DQLPNISYCI TSPPPWPEAI LLGFQHYLVM LGTTVLIPTA LVPQMGGGYE EKAKVIQTIL FVAGINTLLQ TLFGTRLPAV 101: VGASYTFVPT TISIILSGRF SDTSNPIDRF ERIMRATQGA LIVASTLQMI LGFSGLWRNV VRFLSPISAV PLVGLVGFGL YEFGFPGVAK CIEIGLPELL 201: ILVFVSQYLP HVIKSGKNVF DRFAVIFAVV IVWIYAHLLT VGGAYNGAAP TTQTSCRTDR AGIIGAAPWI RVPWPFQWGA PSFDAGEAFA MMMASFVALV 301: ESTGAFVAVS RYASATMLPP SILSRGIGWQ GVAILISGLF GTGAGSSVSV ENAGLLALTR VGSRRVVQIA AGFMIFFSIL GKFGAVFASI PAPIIAALYC 401: LFFAYVGAGG LSFLQFCNLN SFRTKFILGF SVFLGLSIPQ YFNEYTAIKG YGPVHTGARW FNDMVNVPFS SEPFVAGSVA FFLDNTLHKK DSSIRKDRGK 501: HWWDKFRSFK GDTRSEEFYS LPFNLNKYFP SV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)