AT5G62500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : end binding protein 1B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a homolog of animal microtubule-end-binding protein. There are two other members of this family. EB1 forms foci at regions where the minus ends of microtubules are gathered during mitosis and early cytokinesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
end binding protein 1B (EB1B); FUNCTIONS IN: microtubule binding; INVOLVED IN: thigmotropism, cytoskeleton organization, positive gravitropism; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Calponin-homology (InterPro:IPR016146), Calponin-like actin-binding (InterPro:IPR001715), EB1, C-terminal (InterPro:IPR004953); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: microtubule end binding protein EB1A (TAIR:AT3G47690.1); Has 1005 Blast hits to 968 proteins in 223 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 581; Fungi - 144; Plants - 110; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 167 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:25092929..25095006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32932.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 293 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATNIGMMDS AYFVGRNEIL SWINDRLHLN LSRIEEAASG AVQCQMLDMT FPGVVPMHKV NFEAKNEYEM IQNYKVMQEV FTKLKITKPL EVNRLVKGRP 101: LDNLEFLQWL KRFCDSINGG IMNENYNPVE RRSRGGREKS VKGSSKISKS LQTNNMHHPP VATSNKPAGP KQAKSHGIGG GSNSSAEVQA LSKEVEDLKV 201: SVDLLEKERD FYFSKLRDIE ILCQTPELDD LPIVVAVKKI LYATDANESV LEEAQECLNQ SLGLEGYEEE GKEEEEEEEE EEEEAAAAAE TQT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)