AT5G62320.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental)  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? What is ASURE? SUBAcon computations |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : myb domain protein 99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative transcription factor (MYB99). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
myb domain protein 99 (MYB99); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), Myb transcription factor (InterPro:IPR015495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myb domain protein 85 (TAIR:AT4G22680.1); Has 7988 Blast hits to 7535 proteins in 425 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 531; Fungi - 261; Plants - 5721; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1472 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25028885..25029786 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27357.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 245 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGGRKPCCDE VGLRKGPWTV EEDGKLVDFL RARGNCGGGG GGWCWRDVPK LAGLRRCGKS CRLRWTNYLR PDLKRGLFTE EEIQLVIDLH ARLGNRWSKI 101: AVELPGRTDN DIKNYWNTHI KRKLIRMGID PNTHRRFDQQ KVNEEETILV NDPKPLSETE VSVALKNDTS AVLSGNLNQL ADVDGDDQPW SFLMENDEGG 201: GGDAAGELTM LLSGDITSSC SSSSSLWMKY GEFGYEDLEL GCFDV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)