AT5G61650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.824 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CYCLIN P4;2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
The P-type cyclins (CYCPs) share a conserved central region of 100 amino acids ('cyclin box') displaying homology to the corresponding region of the PHO80 cyclin from Saccharomyces cerevisiae and the related G1 cyclins from Trypanosoma cruzi and T. brucei. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CYCLIN P4;2 (CYCP4;2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Negative regulatory factor PREG (InterPro:IPR012389), Cyclin-like (InterPro:IPR011028), Cyclin-related 2 (InterPro:IPR013922), Cyclin (InterPro:IPR006670); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclin p4;3 (TAIR:AT5G07450.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:24778265..24779019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25312.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 219 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADQIEIQRM NQDLQEPLAE IMPSVLTAMS YLLQRVSETN DNLSQKQKPS SFTGVTKPSI SIRSYLERIF EYANCSYSCY IVAYIYLDRF VKKQPFLPIN 101: SFNVHRLIIT SVLVSAKFMD DLSYNNEYYA KVGGISREEM NMLELDFLFG IGFELNVTVS TFNNYCCFLQ REMAMLMKMK SLFLEPSSFK ISSKTKLVMY 201: PHEEDSLSTH HNKKQLAAA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)