AT5G59750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain;GTP cyclohydrolase II | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain;GTP cyclohydrolase II; FUNCTIONS IN: 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity, GTP cyclohydrolase II activity; INVOLVED IN: riboflavin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GTP cyclohydrolase II (InterPro:IPR000926), DHBP synthase RibB (InterPro:IPR000422), DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain (InterPro:IPR017945); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GTP cyclohydrolase II (TAIR:AT5G64300.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:24073397..24075411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56149.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 509 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMDSALYHPR IFFAHSFING LYSSPRFANT CWRLVSRSSW EIKASENSDR NVFDENPVRK TDGSLFDSAS FETVDAEITP ETDDFFVSDA EGDPDCPTQG 101: YSSIELALQA LRKGKFVIVV DDETGDVEGN LIMAATLTSP KDIAFLIKNG SGIVSVGMKK ENLERLSLTL MSPEMEDEDS SAPTFTITVD AKSGTSTGVS 201: ASDRAMTVLA LSSLDAKPDD FRRPGHVFPL KYRDGGVLRR AGHTEASVDL MILAGLRPLS VLSAILDQED GSMASLPYMK KLATEHDIPI VSLTDLIRYR 301: RKRDKLVERI TVSRLPTKWG LFQAYCYRSK LDGTENIALV KGNVGNGEDI LVRVHSECLT GDIFGSARCD CGNQLDLAME LIEKEGRGVV VYLRGHEGRG 401: IGLGHKLRAY NLQDEGHDTV QANVELGLSI DSREYGIGAQ MLRDIGVRTM RLMTNNPAKF TGLKGYGLAV VGRVPVVTPI TKENRRYMET KRKKMGHIYI 501: SDNNDQPLA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)