AT5G58870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FTSH protease 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an FtsH protease that is localized to the chloroplast | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FTSH protease 9 (ftsh9); FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, ATP-dependent peptidase activity, ATPase activity; INVOLVED IN: proteolysis, protein catabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M41, FtsH (InterPro:IPR005936), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), Peptidase M41 (InterPro:IPR000642), Peptidase M41, FtsH extracellular (InterPro:IPR011546); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FTSH protease 7 (TAIR:AT3G47060.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23770080..23773719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 87842.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 806 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSIELLSPL IHDKFRFSTC CSTSSLLYLH ASSFFRDRSF GFRQNPNRFV SNSSIQLPQS VPGSINQERF NLWQGFSRKK STSSSRTIVN CQEGDQKASS 101: SEGEGKTNKD KGRKQGKNEL WWSKGKKWQW KPIIQAQEIG VMLLQLGIVM FVVRLLRPGI PLPGSEPRTQ TTFMSVPYSD FLSKVNNDEV QKVEVDGFHV 201: LFKLKDDGNL QESETSSSSI KLSESSETML RSVAPTKRVV YSTTRPRDIK TPYEKMLENN VEFGSPDKRS GGFFNSGLIV LFYIAVLAGL LHRFPVNFSQ 301: STTGQLRTRK SGGPGGGKVS GDGETITFAD VAGVDEAKEE LEEIVEFLKN PDRYVRLGAR PPRGVLLVGL PGTGKTLLAK AVAGESDVPF ISCSASEFVE 401: LYVGMGASRV RDLFARAKKE APSIIFIDEI DAVAKSRDGK FRMVSNDERE QTLNQLLTEM DGFDSSSAVI VLGATNRADV LDPALRRPGR FDRVVTVESP 501: DKVGRESILK VHVSKKELPL GDDVNLASIA SMTTGFTGAD LANLVNEAAL LAGRKSKMTV DKIDFIHAVE RSIAGIEKKT ARLKGSEKAV VARHEAGHAV 601: VGTAVASLLS GQSRVEKLSI LPRSGGALGF TYIPPTHEDR YLLFIDELHG RLVTLLGGRA AEEVVYSGRI STGALDDIRR ATDMAYKAVA EYGLNEKIGP 701: VSVATLSAGG IDDSGGSPWG RDQGHLVDLV QREVTNLLQS ALDVALTVVR ANPDVLEGLG AQLEDEEKVE GEELQKWLNR VVPSEELAVF IKGKQTALLP 801: AQASSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)