AT5G58690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.854 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphatidylinositol-speciwc phospholipase C5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
phosphatidylinositol-speciwc phospholipase C5 (PLC5); FUNCTIONS IN: phosphoinositide phospholipase C activity, phospholipase C activity, phosphoric diester hydrolase activity, calcium ion binding; INVOLVED IN: signal transduction, intracellular signaling pathway, lipid metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phospholipase C, phosphoinositol-specific, EF-hand-like (InterPro:IPR015359), Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X domain (InterPro:IPR000909), C2 calcium/lipid-binding domain, CaLB (InterPro:IPR008973), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Phospholipase C, phosphoinositol-specific (InterPro:IPR001192), Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain (InterPro:IPR001711), PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain (InterPro:IPR017946), C2 membrane targeting protein (InterPro:IPR018029), C2 calcium-dependent membrane targeting (InterPro:IPR000008); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Phosphoinositide-specific phospholipase C family protein (TAIR:AT2G40116.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23709676..23712030 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66256.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 578 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKRDMGSYKM GLCCSDKLRM NRGAPPQDVV TAFVEYTEGR SHMTAEQLCR FLVEVQDETE VLVSDAEKII ERITCERHHI TKFLRHTLNL DDFFSFLFSD 101: DLNHPIDSKV HQDMASPLSH YFIYTSHNSY LTGNQINSEC SDVPLIKALK RGVRALELDM WPNSTKDDIL VLHGWAWTPP VELVKCLRSI KEHAFYASAY 201: PVILTLEDHL TPDLQAKAAE MMKEIFMDMV YFPEAGGLKE FPSPEDLKYK IVISTKPPKG SLRKDKDSES DASGKASSDV SADDEKTEEE TSEAKNEEDG 301: FDQESSNLDF LTYSRLITIP SGNAKNGLKE ALTIDNGGVR RLSLREQKFK KATEMYGTEV IKFTQKNLLR IYPKATRVNS SNYRPYNGWM YGAQMVAFNM 401: QGYGRALWMM HGMFRGNGGC GYVKKPDFMM NNNLSGEVFN PKAKLPIKKT LKVKVYMGKG WDSGFQRTCF NTWSSPNFYT RVGITGVRGD KVMKKTKKEQ 501: KTWEPFWNEE FEFQLTVPEL ALLRIEVHDY NMPEKDDFSG QTCLPVSELR QGIRSVPLYD RKGERLVSVT LLMRFHFL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)