AT5G58470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TBP-associated factor 15B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
TBP-associated factor 15B (TAF15b); FUNCTIONS IN: binding, nucleotide binding, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), Zinc finger, RanBP2-type (InterPro:IPR001876); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TBP-associated factor 15 (TAIR:AT1G50300.1); Has 115051 Blast hits to 45140 proteins in 2321 species: Archae - 166; Bacteria - 28654; Metazoa - 42717; Fungi - 9006; Plants - 12716; Viruses - 1451; Other Eukaryotes - 20341 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23638566..23640854 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42318.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 422 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGMYNQDGG GGAPIPSYGG DGYGGGGGYG GGDAGYGGRG ASGGGSYGGR GGYGGGGGRG NRGGGGGGYQ GGDRGGRGSG GGGRDGDWRC PNPSCGNVNF 101: ARRVECNKCG ALAPSGTSSG ANDRGGGGYS RGGGDSDRGG GRGGRNDSGR SYESSRYDGG SRSGGSYGSG SQRENGSYGQ APPPAAAIPS YDGSGSYPPP 201: TGYGMEAVPP PTSYSGGPPS YGGPRGGYGS DAPSTGGRGG RSGGYDGGSA PRRQEASYED AATEKVKQCD ADCDDNCDNA RIYISNLPPD VTTDELKDLF 301: GGIGQVGRIK QKRGYKDQWP YNIKIYTDEK GNYKGDACLA YEDPSAAHSA GGFFNNYEMR GNKISVTMAE KSAPRAPTFD QRGGGRGGGG GGYGGGGGDR 401: RRDNYSSGPD RNHHGGNRSR PY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)