AT5G58060.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SNARE-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of YKT6 Gene Family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
YKT61; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: transport, vesicle-mediated transport; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Longin (InterPro:IPR010908), Longin-like (InterPro:IPR011012), Synaptobrevin (InterPro:IPR001388); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Synaptobrevin family protein (TAIR:AT5G58180.2); Has 1443 Blast hits to 1443 proteins in 239 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 389; Fungi - 302; Plants - 452; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 300 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:23498277..23500128 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22544.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 199 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKITALLVLK CAPEASDPVI LSNASDVSHF GYFQRSSVKE FVVFVGRTVA SRTPPSQRQS VQHEEYKVHA YNRNGLCAVG FMDDHYPVRS AFSLLNQVLD 101: EYQKSFGESW RSAKEDSNQP WPYLTEALNK FQDPAEADKL LKIQRELDET KIILHKTIDS VLARGEKLDS LVEKSSDLSM ASQMFYKQAK KTNSCCTIL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)