AT5G57980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA polymerase II fifth largest subunit, C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
NRPB5-like protein of unknown function; homologous to budding yeast RPB5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNA polymerase II fifth largest subunit, C (RPB5C); FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, DNA binding; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: shoot apex, leaf whorl, sepal, root, flower; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA polymerase, Rpb5, N-terminal (InterPro:IPR005571), RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal (InterPro:IPR000783), DNA-directed RNA polymerase, RPB5 subunit (InterPro:IPR014381); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Eukaryotic rpb5 RNA polymerase subunit family protein (TAIR:AT3G22320.1); Has 862 Blast hits to 862 proteins in 307 species: Archae - 143; Bacteria - 0; Metazoa - 161; Fungi - 219; Plants - 117; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 214 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23469050..23469768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24344.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 210 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDMDDEITR IFKVRRTVLQ MLRDRGYTIE ESDLNLKREE FVQRFCKTMN KVNKEALFVS ANKGPNPADK IYVFYPEGPK VGVPVIKKEV AIKMRDDKVH 101: RGIVVVPMAI TAPARMAVSE LNKMLTIEVF EEAELVTNIT EHKLVNKYYV LDDQAKKKLL NTYTVQDTQL PRILVTDPLA RYYGLKRGQV VKIRRSDATS 201: LDYYTYRFAV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)