AT5G57190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphatidylserine decarboxylase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the minor form of the two non-mitochondrail phosphatidylserine decarboxylase. The gene expression level is very low. Located at the tonoplast. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phosphatidylserine decarboxylase 2 (PSD2); FUNCTIONS IN: phosphatidylserine decarboxylase activity; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation, phospholipid biosynthetic process; LOCATED IN: plant-type vacuole membrane; EXPRESSED IN: 13 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), Phosphatidylserine decarboxylase-related (InterPro:IPR003817), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), C2 calcium/lipid-binding domain, CaLB (InterPro:IPR008973), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Phosphatidylserine decarboxylase (InterPro:IPR005221); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphatidylserine decarboxylase 3 (TAIR:AT4G25970.1); Has 3739 Blast hits to 3658 proteins in 1335 species: Archae - 3; Bacteria - 2361; Metazoa - 260; Fungi - 489; Plants - 195; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 431 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23171531..23175364 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71003.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 635 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGNGNSREAK ESRRSRLRHK LQKFRIHRRH LRSSRNSAGM VIQRTVSAED FSGIALLTLI GAEMKFKDKW LACVSFGEQT FRTEISDTTQ KPIWNSEKKL 101: LLEKNGPSLA RVSVFETNRV ARNKIIGYCE LDIFDFVVQE PESTCKSFNL LDPTSSNVVG SIFLSCAIED PVETERRFAK RILSIVDYNE DGQLSFSEFS 201: DLIKAFGNLV AANKKEELFK AADLNGDGVV TIDELAALLA LQQEQEPIIN NCPVCGEALQ VSDKLNAMIH MTLCFDEGTG NQVMTGGFLT DRQASYGWMF 301: KLSEWTHLST YDVGLNTGSS ASYIVVIDRK SKRLVEELID SKIVLSMRAI YQSKIGLRLM DQGAKEILQR LSEKQGKKMS SVESAQKIPR FLEFFKDQIN 401: MAEVKYPLQH FKTFNEFFIR ELKPGARPIA CMNRNDVAVC AADCRLMAFQ SVEDSTRFWI KGKKFSIRGL LGKNVNPNAF LDGSLVIFRL APQDYHRFHV 501: PVSGVIEQFV DVSGSLYTVN PIAVNSKYCN VFTENKRTVA IISTAEFGKV AFVAIGATMV GSINFVRKEG EHVKKGDELG YFSFGGSTVI CVFEKDAIGI 601: DNDLLVNSGR SLETLVSVGM QLGVSTRTFA RSTLI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)