AT5G57160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA ligase IV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the Arabidopsis orthologue of the yeast and mammalian DNA ligase IV. Involved in the repair of DNA damage but, unlike in yeast, not required for T-DNA integration. Interacts with the Arabidopsis homologue of XRCC4. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATLIG4; FUNCTIONS IN: protein binding, DNA ligase (ATP) activity; INVOLVED IN: double-strand break repair, response to X-ray, response to DNA damage stimulus; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), DNA ligase, N-terminal (InterPro:IPR012308), ATP dependent DNA ligase, central (InterPro:IPR012310), ATP dependent DNA ligase, C-terminal (InterPro:IPR012309), ATP-dependent DNA ligase, conserved site (InterPro:IPR016059), ATP-dependent DNA ligase (InterPro:IPR000977), BRCT (InterPro:IPR001357); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA ligase 1 (TAIR:AT1G08130.1); Has 7656 Blast hits to 6618 proteins in 1076 species: Archae - 317; Bacteria - 1869; Metazoa - 2250; Fungi - 907; Plants - 304; Viruses - 214; Other Eukaryotes - 1795 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23155150..23161688 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 137858.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1219 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MTEEIKFSVL VSLFNWIQKS KTSSQKRSKF RKFLDTYCKP SDYFVAVRLI IPSLDRERGS YGLKESVLAT CLIDALGISR DAPDAVRLLN WRKGGTAKAG 0101: ANAGNFSLIA AEVLQRRQGM ASGGLTIKEL NDLLDRLASS ENRAEKTLVL STLIQKTNAQ EMKWVIRIIL KDLKLGMSEK SIFQEFHPDA EDLFNVTCDL 0201: KLVCEKLRDR HQRHKRQDIE VGKAVRPQLA MRIGDVNAAW KKLHGKDVVA ECKFDGDRIQ IHKNGTDIHY FSRNFLDHSE YAHAMSDLIV QNILVDKCIL 0301: DGEMLVWDTS LNRFAEFGSN QEIAKAAREG LDSHKQLCYV AFDVLYVGDT SVIHQSLKER HELLKKVVKP LKGRLEVLVP EGGLNVHRPS GEPSWSIVVH 0401: AAADVERFFK ETVENRDEGI VLKDLESKWE PGDRSGKWMK LKPEYIRAGA DLDVLIIGGY YGSGRRGGEV AQFLVALADR AEANVYPRRF MSFCRVGTGL 0501: SDDELNTVVS KLKPYFRKNE HPKKAPPSFY QVTNHSKERP DVWIDSPEKS IILSITSDIR TIRSEVFVAP YSLRFPRIDK VRYDKPWHEC LDVQAFVELV 0601: NSSNGTTQKQ KESESTQDNP KVNKSSKRGE KKNVSLVPSQ FIQTDVSDIK GKTSIFSNMI FYFVNVPRSH SLETFHKMVV ENGGKFSMNL NNSVTHCIAA 0701: ESSGIKYQAA KRQRDVIHFS WVLDCCSRNK MLPLLPKYFL HLTDASRTKL QDDIDEFSDS YYWDLDLEGL KQVLSNAKQS EDSKSIDYYK KKLCPEKRWS 0801: CLLSCCVYFY PYSQTLSTEE EALLGIMAKR LMLEVLMAGG KVSNNLAHAS HLVVLAMAEE PLDFTLVSKS FSEMEKRLLL KKRLHVVSSH WLEESLQREE 0901: KLCEDVYTLR PKYMEESDTE ESDKSEHDTT EVASQGSAQT KEPASSKIAI TSSRGRSNTR AVKRGRSSTN SLQRVQRRRG KQPSKISGDE TEESDASEEK 1001: VSTRLSDIAE ETDSFGEAQR NSSRGKCAKR GKSRVGQTQR VQRSRRGKKA AKIGGDESDE NDELDGNNNV SADAEEGNAA GRSVENEETR EPDIAKYTES 1101: QQRDNTVAVE EALQDSRNAK TEMDMKEKLQ IHEDPLQAML MKMFPIPSQK TTETSNRTTG EYRKANVSGE CESSEKRKLD AETDNTSVNA GAESDVVPPL 1201: VKKKKVSYRD VAGELLKDW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)