AT5G57030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Lycopene beta/epsilon cyclase protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Lutein-deficient 2 (LUT2) required for lutein biosynthesis, member of the xanthophyll class of carotenoids. Encodes lycopene epsilon cyclase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
LUTEIN DEFICIENT 2 (LUT2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lycopene beta/epsilon cyclase (InterPro:IPR008671), Lycopene cyclase, beta/epsilon (InterPro:IPR010108); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lycopene cyclase (TAIR:AT3G10230.1); Has 1086 Blast hits to 1081 proteins in 157 species: Archae - 2; Bacteria - 176; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 363; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 545 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:23077398..23079818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58494.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 524 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MECVGARNFA AMAVSTFPSW SCRRKFPVVK RYSYRNIRFG LCSVRASGGG SSGSESCVAV REDFADEEDF VKAGGSEILF VQMQQNKDMD EQSKLVDKLP 101: PISIGDGALD LVVIGCGPAG LALAAESAKL GLKVGLIGPD LPFTNNYGVW EDEFNDLGLQ KCIEHVWRET IVYLDDDKPI TIGRAYGRVS RRLLHEELLR 201: RCVESGVSYL SSKVDSITEA SDGLRLVACD DNNVIPCRLA TVASGAASGK LLQYEVGGPR VCVQTAYGVE VEVENSPYDP DQMVFMDYRD YTNEKVRSLE 301: AEYPTFLYAM PMTKSRLFFE ETCLASKDVM PFDLLKTKLM LRLDTLGIRI LKTYEEEWSY IPVGGSLPNT EQKNLAFGAA ASMVHPATGY SVVRSLSEAP 401: KYASVIAEIL REETTKQINS NISRQAWDTL WPPERKRQRA FFLFGLALIV QFDTEGIRSF FRTFFRLPKW MWQGFLGSTL TSGDLVLFAL YMFVISPNNL 501: RKGLINHLIS DPTGATMIKT YLKV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)