AT5G56970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytokinin oxidase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
It encodes a protein whose sequence is similar to cytokinin oxidase/dehydrogenase, which catalyzes the degradation of cytokinins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytokinin oxidase 3 (CKX3); FUNCTIONS IN: primary amine oxidase activity, cytokinin dehydrogenase activity; INVOLVED IN: cytokinin catabolic process; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain (InterPro:IPR015345), FAD-binding, type 2 (InterPro:IPR016166), Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site (InterPro:IPR006093), FAD-linked oxidase-like, C-terminal (InterPro:IPR016164), FAD linked oxidase, N-terminal (InterPro:IPR006094); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytokinin oxidase 4 (TAIR:AT4G29740.2); Has 7950 Blast hits to 7944 proteins in 1387 species: Archae - 176; Bacteria - 4485; Metazoa - 150; Fungi - 1601; Plants - 789; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 749 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23044944..23048245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59426.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 523 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASYNLRSQV RLIAITIVII ITLSTPITTN TSPQPWNILS HNEFAGKLTS SSSSVESAAT DFGHVTKIFP SAVLIPSSVE DITDLIKLSF DSQLSFPLAA 101: RGHGHSHRGQ ASAKDGVVVN MRSMVNRDRG IKVSRTCLYV DVDAAWLWIE VLNKTLELGL TPVSWTDYLY LTVGGTLSNG GISGQTFRYG PQITNVLEMD 201: VITGKGEIAT CSKDMNSDLF FAVLGGLGQF GIITRARIKL EVAPKRAKWL RFLYIDFSEF TRDQERVISK TDGVDFLEGS IMVDHGPPDN WRSTYYPPSD 301: HLRIASMVKR HRVIYCLEVV KYYDETSQYT VNEEMEELSD SLNHVRGFMY EKDVTYMDFL NRVRTGELNL KSKGQWDVPH PWLNLFVPKT QISKFDDGVF 401: KGIILRNNIT SGPVLVYPMN RNKWNDRMSA AIPEEDVFYA VGFLRSAGFD NWEAFDQENM EILKFCEDAN MGVIQYLPYH SSQEGWVRHF GPRWNIFVER 501: KYKYDPKMIL SPGQNIFQKI NSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)