AT5G56870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-galactosidase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
beta-galactosidase 4 (BGAL4); FUNCTIONS IN: beta-galactosidase activity; INVOLVED IN: lactose catabolic process, using glucoside 3-dehydrogenase, carbohydrate metabolic process, lactose catabolic process via UDP-galactose, lactose catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 35, conserved site (InterPro:IPR019801), Glycoside hydrolase, family 35 (InterPro:IPR001944), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781), Galactose-binding domain-like (InterPro:IPR008979); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-galactosidase 12 (TAIR:AT4G26140.1); Has 2215 Blast hits to 2058 proteins in 473 species: Archae - 15; Bacteria - 949; Metazoa - 388; Fungi - 211; Plants - 584; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 68 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:23004284..23008410 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80595.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 724 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLNFRDKSC IFLAILCCLS LSCIVKASVS YDRKAVIING QRRILLSGSI HYPRSTPEMW PGLIQKAKEG GLDVIETYVF WNGHEPSPGQ YYFGDRYDLV 101: KFIKLVHQAG LYVNLRIGPY VCAEWNFGGF PVWLKFVPGM AFRTDNEPFK AAMKKFTEKI VWMMKAEKLF QTQGGPIILA QIENEYGPVE WEIGAPGKAY 201: TKWVAQMALG LSTGVPWIMC KQEDAPGPII DTCNGYYCED FKPNSINKPK MWTENWTGWY TDFGGAVPYR PVEDIAYSVA RFIQKGGSLV NYYMYHGGTN 301: FDRTAGEFMA SSYDYDAPLD EYGLPREPKY SHLKALHKAI KLSEPALLSA DATVTSLGAK QEAYVFWSKS SCAAFLSNKD ENSAARVLFR GFPYDLPPWS 401: VSILPDCKTE VYNTAKVNAP SVHRNMVPTG TKFSWGSFNE ATPTANEAGT FARNGLVEQI SMTWDKSDYF WYITDITIGS GETFLKTGDS PLLTVMSAGH 501: ALHVFVNGQL SGTAYGGLDH PKLTFSQKIK LHAGVNKIAL LSVAVGLPNV GTHFEQWNKG VLGPVTLKGV NSGTWDMSKW KWSYKIGVKG EALSLHTNTE 601: SSGVRWTQGS FVAKKQPLTW YKSTFATPAG NEPLALDMNT MGKGQVWING RNIGRHWPAY KAQGSCGRCN YAGTFDAKKC LSNCGEASQR WYHVPRSWLK 701: SQNLIVVFEE LGGDPNGISL VKRT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)