AT5G54900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding protein 45A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding protein 45A (RBP45A); FUNCTIONS IN: RNA binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein (TAIR:AT4G27000.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22295412..22298126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42326.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 387 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQQPPSNAAG AGQIPSGQQH LWMMMQQQQQ QQQMQLSAAP LGQHQYGIGS QNPGSASDVK SLWIGDLQQW MDENYIMSVF AQSGEATSAK VIRNKLTGQS 101: EGYGFIEFVS HSVAERVLQT YNGAPMPSTE QTFRLNWAQA GAGEKRFQTE GPDHTIFVGD LAPEVTDYML SDTFKNVYGS VKGAKVVLDR TTGRSKGYGF 201: VRFADENEQM RAMTEMNGQY CSTRPMRIGP AANKNALPMQ PAMYQNTQGA NAGDNDPNNT TIFVGGLDAN VTDDELKSIF GQFGELLHVK IPPGKRCGFV 301: QYANKASAEH ALSVLNGTQL GGQSIRLSWG RSPNKQSDQA QWNGGGYYGY PPQPQGGYGY AAQPPTQDPN AYYGGYTGYG NYQQQRQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)