AT5G54260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA repair and meiosis protein (Mre11) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
DNA repair and meiotic recombination protein, component of MRE11 complex with RAD50 and NBS1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MEIOTIC RECOMBINATION 11 (MRE11); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, manganese ion binding, protein serine/threonine phosphatase activity, exonuclease activity, endonuclease activity; INVOLVED IN: double-strand break repair, DNA metabolic process; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Metallophosphoesterase (InterPro:IPR004843), DNA repair exonuclease (InterPro:IPR003701), Mre11, DNA-binding (InterPro:IPR007281); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22032702..22037749 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80295.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 720 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSREDFSDTL RVLVATDCHL GYMEKDEIRR HDSFKAFEEI CSIAEEKQVD FLLLGGDLFH ENKPSRTTLV KAIEILRRHC LNDKPVQFQV VSDQTVNFQN 101: AFGQVNYEDP HFNVGLPVFS IHGNHDDPAG VDNLSAIDIL SACNLVNYFG KMVLGGSGVG QITLYPILMK KGSTTVALYG LGNIRDERLN RMFQTPHAVQ 201: WMRPEVQEGC DVSDWFNILV LHQNRVKSNP KNAISEHFLP RFLDFIVWGH EHECLIDPQE VSGMGFHITQ PGSSVATSLI DGESKPKHVL LLEIKGNQYR 301: PTKIPLTSVR PFEYTEIVLK DESDIDPNDQ NSILEHLDKV VRNLIEKASK KAVNRSEIKL PLVRIKVDYS GFMTINPQRF GQKYVGKVAN PQDILIFSKA 401: SKKGRSEANI DDSERLRPEE LNQQNIEALV AESNLKMEIL PVNDLDVALH NFVNKDDKLA FYSCVQYNLQ ETRGKLAKDS DAKKFEEDDL ILKVGECLEE 501: RLKDRSTRPT GSSQFLSTGL TSENLTKGSS GIANASFSDD EDTTQMSGLA PPTRGRRGSS TANTTRGRAK APTRGRGRGK ASSAMKQTTL DSSLGFRQSQ 601: RSASAAASAA FKSASTIGED DVDSPSSEEV EPEDFNKPDS SSEDDESTKG KGRKRPATTK RGRGRGSGTS KRGRKNESSS SLNRLLSSKD DDEDEDDEDR 701: EKKLNKSQPR VTRNYGALRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)