AT5G54080.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.966 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homogentisate 1,2-dioxygenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
homogentisate 1,2-dioxygenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homogentisate 1,2-dioxygenase (HGO); FUNCTIONS IN: homogentisate 1,2-dioxygenase activity; INVOLVED IN: tyrosine metabolic process, oxidation reduction, L-phenylalanine catabolic process, tyrosine catabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), Homogentisate 1,2-dioxygenase (InterPro:IPR005708); Has 1765 Blast hits to 1763 proteins in 704 species: Archae - 21; Bacteria - 1187; Metazoa - 139; Fungi - 155; Plants - 44; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 219 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21945920..21948070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51458.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 461 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEKKKELEE LKYQSGFGNH FSSEAIAGAL PLDQNSPLLC PYGLYAEQIS GTSFTSPRKL NQRSWLYRVK PSVTHEPFKP RVPAHKKLVS EFDASNSRTN 101: PTQLRWRPED IPDSEIDFVD GLFTICGAGS SFLRHGFAIH MYVANTGMKD SAFCNADGDF LLVPQTGRLW IETECGRLLV TPGEIAVIPQ GFRFSIDLPD 201: GKSRGYVAEI YGAHFQLPDL GPIGANGLAA SRDFLAPTAW FEDGLRPEYT IVQKFGGELF TAKQDFSPFN VVAWHGNYVP YKYDLKKFCP YNTVLLDHGD 301: PSINTVLTAP TDKPGVALLD FVIFPPRWLV AEHTFRPPYY HRNCMSEFMG LIYGAYEAKA DGFLPGGASL HSCMTPHGPD TTTYEATIAR VNAMAPSKLT 401: GTMAFMFESA LIPRVCHWAL ESPFLDHDYY QCWIGLKSHF SRISLDKTNV ESTEKEPGAS E |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)