AT5G53850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.995 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : haloacid dehalogenase-like hydrolase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
haloacid dehalogenase-like hydrolase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, ion binding, methylthioribulose 1-phosphate dehydratase activity, metal ion binding; INVOLVED IN: L-methionine salvage; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Class II aldolase/adducin, N-terminal (InterPro:IPR001303), Methylthioribulose-1-phosphate dehydratase (InterPro:IPR017714); Has 2955 Blast hits to 2952 proteins in 928 species: Archae - 33; Bacteria - 2121; Metazoa - 295; Fungi - 289; Plants - 67; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 150 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:21861617..21864817 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45025.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 402 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVAAAAMIG LPQAYLEGKE VKETSSLVTE LCRHFYTQGW VSGTGGSITM KVHDASIPKP EQLIVMSPSG VQKERMQPED MYILSANGSI ISTPSPKPYP 101: NKPPKCTDCA PLFMKAYEMR NAGAVIHSHG MESCLVTMLN PQAKEFRITH MEMIKGIQGH GYYDELVVPI IENTAYENEL TDSLTKAIEA YPKATAVLVR 201: NHGVYIWGDS WIHAKTQAEC YHYLFDAAIK LHQLGLDAAT PDHGPIRRTI HSQIKDSQYE REWPRRWIVL DIEGTTTPIT FVTDVLFPYA RENVGKHLNL 301: TYHTAETQED IKLLRAQVEE DLREGVTGAV PIPHADEGKE KVIAAMVSNV EAMIRADRKI TALKELQGHI WRTGFECDEL KAIVFEDVAD ALEKWHSSGI 401: KR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)