AT5G53460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NADH-dependent glutamate synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
NADH-dependent glutamate synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NADH-dependent glutamate synthase 1 (GLT1); FUNCTIONS IN: glutamate synthase (NADH) activity; INVOLVED IN: nitrate assimilation, response to cadmium ion, glutamate biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast, plastid; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase (InterPro:IPR013027), Glutamine amidotransferase, class-II (InterPro:IPR000583), Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal (InterPro:IPR002489), Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Adrenodoxin reductase (InterPro:IPR000759), Glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit 1 (InterPro:IPR006005), Fumarate reductase, C-terminal (InterPro:IPR012285), Glutamate synthase, central-N (InterPro:IPR006982), Glutamate synthase, eukaryotic (InterPro:IPR012220), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), Alpha-helical ferredoxin (InterPro:IPR009051), Glutamate synthase, central-C (InterPro:IPR002932), Glutamine amidotransferase, type II (InterPro:IPR017932); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glutamate synthase 1 (TAIR:AT5G04140.1); Has 36461 Blast hits to 36289 proteins in 2576 species: Archae - 608; Bacteria - 18616; Metazoa - 663; Fungi - 406; Plants - 546; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 15622 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21700518..21709629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 241913.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 2208 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MSAASSSSVL HLRTNQQLLS LRSLKNSTSV ASQLAVTSGV SRRRSCTARC SVKKPVIPES PFLGTRVRRS GSETLQFWRS DGPGRSAKLR TVVKSSFSAV 0101: PEKPLGLYDP SYDKDSCGVG FVAELSGETT RKTVTDSLEM LIRMTHRGAC GCESNTGDGA GILVGLPHDF YAEAATELGF VLPSAGNYAV GMFFLPTVES 0201: RREESKNVFT KVAESLGHSV LGWRLVPTDN SGLGNSALQT EPIIAQVFLT PTTKSKADFE QQMYILRRVS MVAIRAALNL QHGAMKDFYI CSLSSRTIVY 0301: KGQLKPDQLK DYYYADLGSE RFTSYMALVH SRFSTNTFPS WDRAQPMRVL GHNGEINTLR GNVNWMRARE GLLKCNELGL SKKELKKLLP IVDVSSSDSG 0401: AFDGVLELLV RAGRSLPEAV MMMIPEAWQN DKNIDPSRKE FYEYLSALME PWDGPALISF TDGRYLGATL DRNGLRPGRF YITHSGRVIM ASEVGVVDVP 0501: PEDVMRKGRL NPGMMLLVDF EKHIVVDDDA LKQQYSLARP YGEWLKRQKI ELKDIIESVP EAERIAPSIS GVVPASNDDD SMESMGIHGL LSPLKAFGYT 0601: VEALEMLLLP MAKDGSEALG SMGNDTPLAV MSNREKLCFE YFKQMFAQVT NPPIDPIREK IVTSMECMIG PEGDLTETTE EQCHRLSLKG PLLKIEEMEA 0701: IKKMNYRGWR TKVLDITYAK ERGTKGLEET LDRICDEANE AIKEGYTLLV LSDRAFSATR VAVSSLMAVG AVHHHLVKTL ARTQVGLVVE SAEPREVHHF 0801: CTLVGFGADA ICPYLAVEAV YRLQVDGKIP PKSNGEFHSK EELVKKYYKA SNYGMMKVLA KMGISTLASY KGAQIFEALG LSSEVIQKCF AGTPSRVEGA 0901: TFEMLARDGL QLHELAFPTR GYAPGSAEAS ALTNPGNYHW RKNGEIHLND PLAIAKLQEA ARTNSVAAYK EYSKRINELN KQSNLRGLMK FKDADVKIPL 1001: DEVEPASEIV KRFCTGAMSY GSISLEAHTT LAMAMNKLGG KSNTGEGGEL PSRMEPLADG SRNPKRSSIK QIASGRFGVS SYYLTNADEL QIKMAQGAKP 1101: GEGGELPGHK VIGDIAITRN STAGVGLISP PPHHDIYSIE DLAQLIHDLK NANPGARISV KLVSEAGVGV IASGVVKGHA DHVLIAGHDG GTGASRWTGI 1201: KNAGLPWELG LAETHQTLVA NDLRGRTVLQ TDGQLKTGRD VAVAALLGAE EFGFSTAPLI TLGCIMMRKC HKNTCPVGIA TQDPVLREKF AGEPEHVINF 1301: FFMLAEEVRE IMSGLGFRTV TEMIGRADML ELDREVVKNN DKLENIDLSL LLRPAAEIRP GAAQYCVQKQ DHGLDMALDQ ELIALSKSAL EKSLPVYIET 1401: PICNVNRAVG TMLSHEVTKR YHLTGLPKDT IHIKFTGSAG QSLGAFLCPG IMLELEGDSN DYVGKGLSGG KVVVYPPKGS SFDPKENIVI GNVALYGATS 1501: GEAYFNGMAA ERFSVRNSGA KAVVEGLGDH GCEYMTGGTV VVLGKTGRNF AAGMSGGIAY VLDVDGKFNT RCNLELVDLD KVEDEEDKMT LKMMIQQHQR 1601: HTNSQLAQEV LADFENLLPK FIKVFPRDYK RVLSAMKHEE VSKQAIERAS EEADETEEKE LEEKDAFAEL KNMAAASSKE EMSGNGVAAE ARPSKVDNAV 1701: KNGGFIAYER EGVKYRDPNV RLNDWNEVME ESKPGPLLTT QSARCMDCGT PFCHQENSGC PLGNKIPEFN ELVYQNRWQE ALNRLLETNN FPEFTGRVCP 1801: APCEGSCVLG IIENPVSIKS IECAIIDKAF EEGWMVPRPP LKRTGKKVAI IGSGPAGLAA ADQLNKMGHL VTVYERSDRI GGLMMYGVPN MKTDKIDVVQ 1901: RRVDLMTKEG INFVVNANIG KDPSYSLDGL KEENDAIVLA VGSTKPRDLP VPGRDLSGVH FAMEFLHANT KSLLDSNHED GNYISAKGKK VVVIGGGDTG 2001: TDCIGTSIRH GCTNIVNLEL LPQPPSTRAP GNPWPQWPRV FRIDYGHQEA TTKFGKDPRT YEVLTKRFIG DDNGNVKGLE LVRVSWEKDE TGRFQFKEIE 2101: GSEEIIEADL VFLAMGFLGP EPTLAEKLGL ECDNRSNFKA EYGRFSTTVE GVFAAGDCRR GQSLVVWAIS EGRQAADQVD KFLTKTDDDE DAKLQQDLNQ 2201: MKHNTITN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)