AT5G53170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.500 plastid 0.500 ASURE: mitochondrion,plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FTSH protease 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an FtsH protease that is localized to the chloroplast and the mitochondrion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FTSH protease 11 (FTSH11); FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, ATP-dependent peptidase activity, ATPase activity; INVOLVED IN: response to heat, PSII associated light-harvesting complex II catabolic process; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M41, FtsH (InterPro:IPR005936), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), Peptidase M41 (InterPro:IPR000642); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FTSH protease 4 (TAIR:AT2G26140.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:21563023..21567922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 88722.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 806 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSTLQASL FLRPPLHTSS FKLYPCLFSS SSLSFCPQSL SSFYRLSSVL HNSRFRPLPC SLRQDNVASD SDFIPKDSAF EVTDSAESNR LVSDTEVSEL 101: ETNDRFVGGE ETKSGGEEAE VSNGVTEGKE EDQKKSKFRI VVLMMALWAA IKRAIEKVME WEWLSWWPFS RQEKRLEKLI AEADANPKDA ALQGALLAEL 201: NKHIPEAVVQ RFEQREHTVD SRGVAEYIRA LVITNAISEY LPDEQTGKPS SLPALLQELK HRASGNMDES FVNPGISEKQ PLHVTMVNPK VSNKSRFAQE 301: LVSTILFTVA VGLVWIMGAA ALQKYIGSLG GIGTSGVGSS SSYSPKELNK EITPEKNVKT FKDVKGCDDA KQELEEVVEY LKNPSKFTRL GGKLPKGILL 401: TGAPGTGKTL LAKAIAGEAG VPFFYRAGSE FEEMFVGVGA RRVRSLFQAA KKKAPCIIFI DEIDAVGSTR KQWEGHTKKT LHQLLVEMDG FEQNEGIIVM 501: AATNLPDILD PALTRPGRFD RHIVVPSPDV RGREEILELY LQGKPMSEDV DVKAIARGTP GFNGADLANL VNIAAIKAAV EGAEKLSSEQ LEFAKDRIVM 601: GTERKTMFVS EDSKKLTAYH ESGHAIVALN TKGAHPIHKA TIMPRGSALG MVTQLPSNDE TSVSKRQLLA RLDVCMGGRV AEELIFGLDH ITTGASSDLS 701: QATELAQYMV SSCGMSEAIG PVHIKERPSS DMQSRIDAEV VKLLREAYER VKSLLKRHEK QLHTLANALL EYETLTAEDI KRILLPKQEG EKFEEQQQEE 801: GDLVLA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)