AT5G51050.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Mitochondrial substrate carrier family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Mitochondrial substrate carrier family protein; FUNCTIONS IN: binding, calcium ion binding; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: mitochondrial inner membrane, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), Mitochondrial substrate carrier (InterPro:IPR001993), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), Mitochondrial carrier protein (InterPro:IPR002067), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), Mitochondrial substrate/solute carrier (InterPro:IPR018108); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Mitochondrial substrate carrier family protein (TAIR:AT5G07320.1); Has 35093 Blast hits to 20803 proteins in 1083 species: Archae - 0; Bacteria - 15; Metazoa - 13922; Fungi - 9690; Plants - 7280; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 4184 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:20753381..20755714 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54508.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 487 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEATKSSKQN CCNPVKKPGP VSIDHVLLAL RETREERDLR IRSLFSFFDS ENVGYLDCAQ IEKGLCALQI PSGYKYAKEL FRVCDANRDG RVDYHEFRRY 101: MDDKELELYR IFQAIDVEHN GCISPEGLWD SLVKAGIEIK DEELARFVEH VDKDNDGIIM FEEWRDFLLL YPHEATIENI YHHWERVCLV DIGEQAVIPE 201: GISKHIKRSN YFIAGGIAGA ASRTATAPLD RLKVLLQIQK TDARIREAIK LIWKQGGVRG FFRGNGLNIV KVAPESAIKF YAYELFKNAI GENMGEDKAD 301: IGTTVRLFAG GMAGAVAQAS IYPLDLVKTR LQTYTSQAGV AVPRLGTLTK DILVHEGPRA FYKGLFPSLL GIIPYAGIDL AAYETLKDLS RTYILQDAEP 401: GPLVQLGCGT ISGALGATCV YPLQVVRTRM QAERARTSMS GVFRRTISEE GYRALYKGLL PNLLKVVPAA SITYMVYEAM KKSLELD |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)