AT5G50870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-conjugating enzyme 27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-conjugating enzyme 27 (UBC27); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like (InterPro:IPR016135), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote (InterPro:IPR015940), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal (InterPro:IPR000449), Ubiquitin-conjugating enzyme, E2 (InterPro:IPR000608), UBA-like (InterPro:IPR009060); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin conjugating enzyme 8 (TAIR:AT5G41700.4); Has 10156 Blast hits to 10152 proteins in 398 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 4517; Fungi - 2174; Plants - 1846; Viruses - 24; Other Eukaryotes - 1593 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:20699626..20700998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21255.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 192 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIDFSRIQKE LQDCERNQDS SGIRVCPKSD NLTRLTGTIP GPIGTPYEGG TFQIDITMPD GYPFEPPKMQ FSTKVWHPNI SSQSGAICLD ILKDQWSPAL 101: TLKTALVSIQ ALLSAPEPKD PQDAVVAEQY MKNYQVFVST ARYWTETFAK KSSLEEKVKR LVEMGFGDAQ VRSAIESSGG DENLALEKLC SA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)