AT5G49720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.333 golgi 0.333 plasma membrane 0.333 ASURE: cytosol,golgi,plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glycosyl hydrolase 9A1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a membrane-bound endo-1,4-beta-D-glucanase, involved in cellulose biosynthesis. Loss-of-function mutants have severe cellulose-deficient phenotypes. During cell elongation, KOR1 is associated with Golgi apparatus and early endosome. Inhibition of cellulose biosynthesis promoted a redistribution of KOR1 in subcellular locations. These observations suggest that deposition of cellulose involves the intracellular cycling of KOR1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glycosyl hydrolase 9A1 (GH9A1); FUNCTIONS IN: cellulase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: Golgi apparatus, plasma membrane, cell plate, early endosome; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Six-hairpin glycosidase (InterPro:IPR012341), Glycoside hydrolase, family 9, active site (InterPro:IPR018221), Six-hairpin glycosidase-like (InterPro:IPR008928), Glycoside hydrolase, family 9 (InterPro:IPR001701); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glycosyl hydrolase 9A3 (TAIR:AT4G24260.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:20197765..20200168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69194.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 621 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYGRDPWGGP LEINTADSAT DDDRSRNLND LDRAALSRPL DETQQSWLLG PTEQKKKKYV DLGCIIVSRK IFVWTVGTLV AAALLAGFIT LIVKTVPRHH 101: PKTPPPDNYT IALHKALKFF NAQKSGKLPK HNNVSWRGNS GLQDGKGETG SFYKDLVGGY YDAGDAIKFN FPMAYAMTML SWSVIEYSAK YEAAGELTHV 201: KELIKWGTDY FLKTFNSTAD SIDDLVSQVG SGNTDDGNTD PNDHYCWMRP EDMDYKRPVT TCNGGCSDLA AEMAAALASA SIVFKDNKEY SKKLVHGAKV 301: VYQFGRTRRG RYSAGTAESS KFYNSSMYWD EFIWGGAWMY YATGNVTYLN LITQPTMAKH AGAFWGGPYY GVFSWDNKLA GAQLLLSRLR LFLSPGYPYE 401: EILRTFHNQT SIVMCSYLPI FNKFNRTNGG LIELNHGAPQ PLQYSVNAAF LATLYSDYLD AADTPGWYCG PNFYSTSVLR DFARSQIDYI LGKNPRKMSY 501: VVGFGTKYPR HVHHRGASIP KNKVKYNCKG GWKWRDSKKP NPNTIEGAMV AGPDKRDGYR DVRMNYNYTE PTLAGNAGLV AALVALSGEE EATGKIDKNT 601: IFSAVPPLFP TPPPPPAPWK P |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)